Yuuta Okkotsu est hanté. Depuis que son amie d'enfance Rika est décédée dans un accident de la circulation, son fantôme est resté avec lui. Mais son esprit n'apparaît pas comme la douce fille que Yuuta connaissait autrefois. Au lieu de cela, elle se manifeste comme une entité monstrueuse et puissante qui le protège farouchement. Incapable de contrôler le comportement violent de Rika, Yuuta est impuissante à arrêter l'effusion de sang qui découle de sa vengeance brutale. En conséquence, lorsqu'il est appréhendé par des sorciers "Jujutsu" - les gardiens secrets du monde, formés pour combattre des forces comme Rika - Yuuta souhaite être complètement isolé afin que personne d'autre ne puisse être blessé. Pourtant, son appréhenseur, le maître sorcier Satoru Gojou, a d'autres plans pour lui : il rejoindra le Jujutsu High School et apprendra à contrôler Rika afin d'aider les gens. Maintenant en première année dans cette école, Yuuta commence à apprendre les arts du Jujutsu et à combattre les êtres malins. Aux côtés de ses nouveaux camarades de classe Maki Zenin, un expert en armes Jujutsu; Toge Inumaki, un lanceur de sorts qui utilise ses mots comme des armes ; et Panda, un panda apparemment marchant et parlant, Yuuta commence à trouver sa place dans le monde et, pour une fois, à se sentir à l'aise avec ses capacités. Cependant, au fur et à mesure que sa formation progresse, Yuuta en vient à apprendre que les dangers du monde du Jujutsu vont bien au-delà de ceux des esprits méchants.